Pierwsze wzmianki o miejscowości Serniki (dawniej „Syrniki”, a w XV w. „Zyrniki) sięgają 1330 roku, natomiast wzniesienie pierwszego kościoła w tejże wsi jest datowane ok. 1600 roku. Jego fundatorką była Zofia Osmolska z Siedlickich. Dzięki jej staraniom, w roku 1603 przy świątyni została erygowana samodzielna parafia pod wezwaniem św. Marii Magdaleny. Poprzednio miejscowość należała do parafii w Bystrzycy.

W nowym ośrodku duszpasterskim z czasem zaczęły działać również szkoła, biblioteka oraz szpital dla ubogich. Kościół uległ zniszczeniu po raz pierwszy w trakcie potopu szwedzkiego. Jego odnową zajęto się już w 1663 roku, jednak kilka dekad później budynek ponownie spłonął. Następnie w Sernikach postawiono małą, drewnianą kaplicę, aby wierni mieli gdzie się gromadzić na wspólne nabożeństwa.

Na przełomie lat 50. i 60. XVIII wieku wzniesiono obecnie istniejący kościół, którego konsekracja miała miejsce w 1779 roku. Obiekt zaprojektował Jakub Fontana, nadając mu późnobarokowy styl z elementami wczesnoklasycystycznymi. W ostatnich latach dzięki wsparciu i ofiarności lokalnej ludności możliwe było przeprowadzenie wielu koniecznych remontów. Renowacji poddano między innymi XIX-wieczne organy zbudowane przez Stefana Romańskiego z Lublina.

Oprócz tego, za sprawą Muzeum Narodowego w Krakowie i zgodą lubelskiego konserwatora zabytków, odrestaurowano feretron„Nawiedzenie” oraz obraz „Bóg Ojciec”, obydwa dzieła autorstwa Jana Bogumiła Plerscha, nadwornego malarza króla Stanisława Augusta Poniatowskiego.

W 2023 roku rozpoczęto prace projektowe dotyczące remontu muru przykościelnego i dzwonnicy. Więcej informacji można znaleźć w zakładce inwestycje.